聖マリアンナ医科大学の呼吸器内科は特に呼吸器内視鏡の診断及び治療に力を入れております。特に内視鏡治療（気道ステント留置術および気管支充填術）を行っている施設は少ないため首都圏だけでなく遠方からも患者紹介があり、良性疾患である気管支喘息の内視鏡治療だけでなく現在、慢性閉塞性肺疾患(COPD)の内視鏡治療を行う準備をしております。
また、気管支鏡検査で診断された呼吸器悪性腫瘍（特に肺がん）に関しては薬物療法の進歩もあり呼吸器外科、放射線科と連携をとりながら最新の治療を行っており、多くの臨床試験を行っております。
関連病院として横浜市西部病院と川崎市立多摩病院では気管支喘息の診断及び治療を積極的に行っております。
